Yûma, 13 ans, adore les duels même s'il n'est pas très doué. Lors d'un combat, le pendentif qu'il a reçu de ses parents ouvre une porte mystérieuse : Astral le génie apparaît. Les souvenirs de celui-ci se sont éparpillés dans des cartes spéciales, les "numéros", qu'il doit rassembler pour retrouver la mémoire. L'obstination de Yûma et le sens tactique d'Astral vont triompher de bien des épreuves.