XIIe siècle, Japon. Ultimo & Vice sont des Karakuri Dôji, des armures mécaniques pourvues d'émotionset de sentiments humains. L'un est le bien incarné et l'autre le mal tout puissant et leur capacitéde jugement est rapide comme un éclair. Le but de leur existence : prouver de manière absolue laquelle des forces entre le mal et le bien est la puissante de l'univers. XXIe siècle, Tokyo Ouest. Entre les filles et les problèmes d'argents, la vie est rude pour les lycéens, mais pour Yamato les choses semblent sur le point de changer le jour où il découvre dans une vieille échoppe, Ultimo, une sorte de marionnette étrange.