L'histoire est parsemée de phénomènes surnaturels, défiant la rationalité et les probabilités. Face à eux, l'Église, qui croit à l'Invisible, s'est toujours montrée prudente, d'abord en raison de possibles supercheries, mais surtout parce que les miracles ne constituent pas selon elle une preuve de la foi ou une raison de croire : ils sont seulement signes de Dieu. L'Église associe donc toujours foi et raison. On pourrait dire foi et science, la science n'étant pas le scientisme. C'est même grâce à cette quête obstinée de la Vérité que la science a tant progressé en Occident, comme le montrait l'auteur dans son livre précédent. Fort de cet enseignement, Jacques Laurentie, scientifique de formation, aborde avec réalisme les grands cas de miracles ou d'apparitions (le linceul de Turin, les voix de Jeanne d'Arc, Notre-Dame de Guadalupe, Lourdes, la danse du soleil à Fatima, les stigmates de Padre Pio, et la statue d'Akita), ainsi que le plus grand miracle, celui de l'Univers, et les progrès de la cosmologie. Il confronte leur mystère et la critique moderne.