Link est à la recherche de sa fée Navy dont il a été séparé lors de son précédent combat contre Ganondorf. Mais il tombe en chemin sur un curieux personnage masqué nommé Stulkid qui lui vole tous ses biens. Dépassé par le pouvoir de son masque, Stulkid est pris d'une grande folie et décide de faire tomber la lune. Link doit alors libérer quatre géants qui pourront contrecarrer le masque.